Родился 8 марта 1944 года в Москве, в семье военного Никитина Якова Григорьевича и Никитиной Веры Сергеевны.
Окончил физический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова (1968) отделение акустики. Физик, кандидат физико-математических наук. Работал научным сотрудником в институте органической химии АН СССР и в институте биологической физики АН СССР.
Был организатором и руководителем квартета физиков МГУ (1963—1967), а также квинтета физиков (1968—1977), в котором пела и Татьяна. Несколько лет Сергей Никитин проработал заведующим музыкальной частью московского театра «Табакерка» под руководством Олега Табакова, сотрудничал и с другими театрами, работал в кино, на радио и телевидении. В настоящее время Никитин — член Союза театральных деятелей РФ, заслуженный деятель искусств РФ, лауреат Царскосельской художественной премии (1997) и свободный художник.